八个免费的病理图像分析软件程序
Table of Contents
📚 Introduction
🌐 Open Source Tissue Image Analysis Programs
🧪 ImageJ
🧫 QPath
🔬 Cell Profiler
🔍 Elastic
🌌 Orbit
🌐 Cytomine
🎨 Icy
📷 PathML
❓ Frequently Asked Questions
介绍
当你想要对病理图像进行组织图像分析时，你首先想到的可能是许可证会花费多少钱。然而，至少有八种开源的免费组织图像分析程序，今天我们就来了解一下这些程序。
嗨，我是Alexandra Jurath，我在这里帮助你更好地进行数字病理学。如果你有兴趣了解数字病理学和组织图像分析，那么你来对地方了。点击下方的铃铛订阅，每当我发布新视频时都会收到通知。
🌐 开源组织图像分析程序
🧪 ImageJ
ImageJ是一个基于Java开发的图像处理程序，与国家卫生研究所和光学与计算仪器实验室合作开发。在整个生物图像分析界，尤其是病理学和组织图像分析界中，ImageJ是最为知名的之一。ImageJ有无数插件，涵盖了生物图像分析的不同方面。同时，Fiji作为ImageJ的一个分发版，是一系列已准备好的ImageJ插件捆绑包，可供组织图像分析等使用。Fiji还包括能处理整片切片图像的Image A插件。无论是具备基本计算机技能的基础研究人员，还是开发人员，都可以使用ImageJ。对于开发人员来说，他们还可以开发插件。
🧫 QPath
QPath是由Pete Bankett开发的，我曾有幸采访过他，采访的内容在下面的描述中会链接。QPath专门设计用于整片切片图像。与ImageJ不同，你可以使用专门处理它们的插件。Cuba就是为整片切片图像而开发的插件，其最初目的是用于生物标志物定量和免疫组化定量。然而，现在它的应用范围更广泛了。在Cuba中，你可以创建多片切片项目，进行染色估计、注释等各种复杂操作，可以对细胞进行定量等等，几乎包括了你对高级组织图像分析软件的一切期望。向Pete致以祝贺，并且在描述下方会有一个关于这个采访的链接，里面会详细解释Cuba的背后有一个很酷的故事。
🔬 Cell Profiler
Cell Profiler是在麻省理工学院和哈佛大学开发的基于MATLAB的程序，用于批量处理生物学中的细胞。这个程序对于生物学和细胞方面的研究非常有用，但是它只能与像素图像一起使用，需要与其他程序（如Orbit）进行集成。
🔍 Elastic
Elastic允许没有图像处理经验的用户以统一的方式对2D、3D和4D图像进行细胞数量分割和分类。它包含了随机森林分类器，并且具有良好的图形用户界面，可以让用户进行互动式的分割细化。它还提供将其集成到Cell Profiler批处理流程中的选项，开发人员还可以设计插件。
🌌 Orbit
Orbit旨在量化包括整片切片图像在内的大型图像。你可以从本地磁盘加载图像，或连接到OMERO（Open Microscopy Environment），通过瓦片式管道处理整片切片图像以及在不同分辨率下处理图像。Orbit还与Cell Profiler集成得非常好，真是干得好，Cell Profiler的人真是无所不能。
🌐 Cytomine
Cytomine是一个基于Web的程序，非常侧重于协作。它可以由病理学家用于注释，也可以由开发人员用来开发模型和在Cytomine中部署。它还具有图像管理功能，主要为那些参与组织图像分析的人员设计。这个程序支持大多数整片切片图像格式。对我来说比较有趣的一点是，你可以将多张图像并排查看，还可以进行注释。作为病理学家，这些与病理学相关的特性对我来说非常重要。而对于开发人员来说，他们可以在他们熟悉的开发语言中开发程序，并在Cytomine中部署算法。最近我还和Greg Wavik交谈过，他是Cytomine的联合创始人之一，我们在LinkedIn上直播过幸会。链接在下面的描述中，确保去看一下，他解释了Cytomine是什么，它的好处是什么。
🎨 Icy
Icy的网站描述它是一个专门用于图像分析的协作Photoshop。开发人员可以开发插件，添加自己的功能，生命科学家也可以使用它作为直观的图像分析工具。它具有整片切片图像分析的功能。
📷 PathML
PathML是一个工具包，用于准备不同格式和不同成像模式的图像进行图像分析工作流。它提供了一个通用的框架，用于在不同图像格式上创建和运行预处理流程。PathML库使用Python编写，支持各种成像模式，如苏木精与伊红染色、免疫组化、免疫荧光，甚至是3D图像。它可以处理所有不同的整片切片图像格式，支持超过160种格式。当然，它也具有整片切片图像分析的功能。
❓ 常见问题
问：这些软件能不能用来分析整片切片图像？
答：是的，其中许多软件可以用于整片切片图像分析。例如，ImageJ、QPath、Orbit和Cytomine都具有处理整片切片图像的功能。
问：这些软件有没有免费版本可供试用？
答：是的，所有这八个软件都是免费的开源软件，你可以从它们的官方网站上下载和使用。
问：这些软件需要哪些计算机技能？
答：这些软件大多数都可以由具备基本计算机技能的人使用。然而，对于某些程序，如Cell Profiler，可能需要一些MATLAB编程知识。
问：我在使用这些软件进行研究时需要如何引用它们？
答：在PDF文件中，我们提供了每个软件的引用链接，您可以在发表论文时适当引用使用这些软件的工作。
问：这些软件对于数字病理学研究有什么意义？
答：这些软件为数字病理学研究提供了强大的工具，可以处理和分析组织图像，帮助研究人员更好地理解和诊断病理学样本。
问：除了图像分析，这些软件还有其他功能吗？
答：是的，除了图像分析，这些软件中的一些还具有数据分析、注释、多图像查看和其他相关功能。
请注意，在PDF文件中提供了下载这些软件以及使用教程、引用和其他资源的链接。